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      Esse sistema indica uma explicação sobre o funcionamento dos Círculos de Transmutação.

— Para se utilizar a alquimia de forma eficiente, é necessária a utilização de um símbolo conhecido como círculo de transmutação (錬成陣, Renseijin), que precisa possuir um design específico para o tipo de transmutação. A razão por trás da forma arredondada é o fato de todos os conceitos de transmutação completa (compreensão, decomposição e reestruturação; troca equivalente etc.) serem cíclicos.

    Um círculo de transmutação pode ser desenhado ou formado na hora do uso a partir de qualquer material (carvão, tinta, sangue etc.), gravado permanentemente em um objeto (armas, luvas, peças de armadura etc.) ou mesmo tatuado no corpo de uma pessoa. Estes símbolos são formados por duas partes básicas, o círculo e as runas.

    O círculo alquímico é o condutor do fluxo de poder, que conduz a força (ou energia) do solo e ar, que ocorre naturalmente na alquimia clássica (alcahestria) e por meio de tubos de energia bruta na alquimia de Amestris. O círculo representa as energias cíclicas do planeta e seus fenômenos naturais.

As runas alquímicas estão localizadas dentro do círculo, e possuem uma grande variação em design e posição dentro do símbolo devido ao fato de serem baseadas em estudos, textos antigos e experimentos. Todas as runas correspondem a uma forma de transformação de energia, de modo que um círculo bem feito permite ao alquimista alterar esta energia do modo que desejar, contanto que este não viole a troca equivalente. Runas geralmente possuem polígonos com formas triangulares quando utilizadas em transmutações básicas, e nesse caso podem representar o ar, a água, a terra ou o fogo dependendo de seu posicionamento. Um bom exemplo de runa é o hexagrama (encontrado na série principalmente no símbolo ouroboros), que utiliza-se de oito triângulos multi-direcionais para representar todos os quatro elementos clássicos de uma só vez. Runas mais esotéricas, como símbolos da astrologia, imagens e linhas de texto também podem ser encontradas nos círculos de transmutação.